تدور احداث القصة عن سمكة صغيرة تدعى بونيو تعيش مع أخواتها في حوض للماء في قلعة أبيها التي تقع تحت البحر.عندما أخذها والدها هي وأخواتها في رحلة خارج قلعته، شعرت بونيو برغبة لمعرفة المزيد عن هذا العالم، فسبحت بعيداً ,وعندما وصلت إلى شاطئ قرية صغيرة لصيد الأسماك قام بإنقاذها ولد صغير يدعى ساسكيه الذي سمى بونيو بهذا الاسم ووعدها بأن يحميها إلى الابد. في نفس الوقت. كان فوجيموتو، والد بونيو يبحث عنها وهو مستاء، لأنه كان يعتقد أن البشر قاموا باختطافها.
