يتم إنقاذ المجرم "كالوم لينش" من إعدامه من قبل شركة "أبسترجو إندستريز"، وهي تجسيد في العصر الحديث لفرسان الهيكل. يتم إجباره على المشاركة في مشروع الـ"أنيموس" وتسترجع ذكريات سلفه "أغيلار"، وهو أساسن خلال فترة محاكم التفتيش الإسبانية. أثناء استمرار لينش لعيش تجربة ذكريات أغيلار يبدأ في اكتساب المعارف والمهارات اللازمة لمواجهة فرسان الهيكل في الوقت الحاضر
